C’est un réseau européen de sites reconnus pour leur richesse environnementale. Il répond à la mise en oeuvre de deux Directives européennes : la « Directive Oiseaux » de 1979 et la « Directive Habitats » de 1992, dont l’objectif est la préservation des espèces animales et végétales les plus menacées et la conservation de leurs habitats naturels.
Thau : un milieu unique
La valeur environnementale de Thau repose d’abord sur les zones humides qui bordent la lagune : ce sont des sites de nidification pour de très nombreuses espèces d’oiseaux. Cette richesse est également sous marine avec un des plus grands herbiers d’Europe. C’est une zone de frayère et d’habitat essentielle pour de nombreuses espèces de poissons de la lagune et plus généralement du Golfe du Lion. C’est ce patrimoine naturel qui a motivé le classement de l’étang de Thau en site Natura 2000 par l’Europe au titre des deux Directives :
Pour la Directive Habitats :les « herbiers de l’étang de Thau »; Pour la Directive Oiseaux :l’« étang de Thau et lido de Sète à Agde » (13 espèces d’oiseaux : Aigrette garzette, Avocette élégante, Echasse blanche, Flamant rose, Goéland d’Audouin, Mouette mélanocéphale, Pipit rousseline, Sterne caugek, Sterne naine, Sterne pierregarin, Grèbe à cou noir, Héron garde boeuf, Mouette rieuse).
Des orientations définies par l’ensemble des acteurs locaux
Natura 2000 constitue une démarche partenariale entre l’État, les collectivités et les différents utilisateurs du territoire : propriétaires, exploitants, pêcheurs, chasseurs… Ils sont réunis dans un comité de pilotage créé par le Préfet : le COPIL, qui est un lieu de dialogue, de travail, mais surtout de décision. Le COPIL doit garantir la prise en compte de tous les intérêts. Son objectif n'est pas de créer des « sanctuaires de nature » mais de définir un juste équilibre entre les enjeux de conservation de la biodiversité et les enjeux sociaux liés aux activités humaines (chasse, pêche, loisirs). Le COPIL définit et décide des modalités de gestion des sites qu’il retranscrit sous la forme d’un document d’objectifs (DOCOB).
Natura Thau : un Natura 2000 pour Thau
La réunion de lancement du Natura 2000 de Thau a eu lieu le 19 novembre 2008 : les représentants de l’État ont officiellement réuni les élus du territoire (les maires et les conseillers généraux des communes et des cantons riverains de l’étang) pour leur confier la démarche. Comme l’exige la procédure, les élus devaient, à cette occasion, élire le Président du futur comité de pilotage : ils ont, à l’unanimité, désigné Yves Michel, maire de Marseillan, qui a aussitôt annoncé qu’il réunirait le COPIL dès le début d’année 2009. Il a également affirmé sa volonté de parvenir à un document partagé par l’ensemble des usagers des espaces concernés, et fixé l’objectif de 2011 pour l’approbation du DOCOB de Thau. Les élus ont également désigné le Syndicat Mixte du Bassin de Thau (SMBT) pour l’appui administratif et technique du COPIL.
Natura 2000 
